• Trẻ nhỏ có hệ tiêu hóa chưa hoàn thiện cùng sức đề kháng chưa mạnh mẽ như người trưởng thành. Các tác nhân gây bệnh như nấm, ký sinh trùng, vi khuẩn, vi rút,...có trong môi trường và thức ăn có thể gây rối loạn tiêu hóa ở trẻ.
• Thuốc kháng sinh cũng có thể là một nguyên nhân khiến cho trẻ bị rối loạn tiêu hóa. Kháng sinh có thể gây mất cân bằng sinh thái đường ruột vì chúng tiêu diệt cả những vi khuẩn có hại lẫn vi khuẩn có hại trong hệ tiêu hóa.
• Các bệnh từ đường hô hấp như viêm phổi, viêm phế quản hay thậm chí là viêm họng cũng có thể ảnh hưởng tới quá trình tiêu hóa của trẻ. Thói quen nuốt đờm (có chứa nhiều vi khuẩn) ở trẻ có thể dẫn đến nhiễm trùng đường ruột gây rối loạn tiêu hóa.
• Chế độ ăn chưa hợp lý: Khi trẻ ăn nhiều những thực phẩm không tốt cho hệ tiêu hóa như: đồ chiên nhiều dầu mỡ, bánh kẹo, nước ngọt có ga,...cũng có thể dẫn đến rối loạn tiêu hóa. Các mẹ cần kiểm soát chất và lượng thực phẩm của trẻ kỹ càng.
• Tâm lý căng thẳng cũng ảnh hưởng đến hoạt động co bóp của nhu động ruột, dẫn đến rối loạn tiêu hóa. 

Sử dụng các thực phẩm không đảm bảo vệ sinh, đồ tươi sống, thực phẩm bị ôi thiu, quá trình chế biến hoặc bảo quản không đảm bảo hoặc sử dụng nguồn nước bị nhiễm vi khuẩn cũng có thể gây rối loạn tiêu hóa ở trẻ nhỏ.